慢性扁桃体炎多由急性扁桃体炎反复发作或因隐窝引流不畅，而导致扁桃体隐窝及其实质发生慢性炎症病变。亦可发生于某些急性传染病之后，扁桃体隐窝内细菌、病毒及代谢产物进入体液后，可引起抗体形成，继之腺体内产生抗原抗体结合物，能起到一种复合免疫作用，从而认为慢性扁桃体炎是一种自身免疫反应。由于自身抗原抗体结合时对组织细胞有损害，而有利于感染，感染又促进抗原抗体反应，从而形成恶性循环。

　　慢性扁桃体炎可造成经常咽部不适，发干，发痒，刺激性咳嗽，异物感，口臭等症状。儿童过度肥大的扁桃体可引起吞咽、呼吸、语言障碍。

　　若引起腺样体肥大可引起鼻塞、睡眠打鼾以及卡他性中耳炎等症状。由于经常咽下分泌物及隐窝中的细菌毒素，可致消化不良，低热、头痛、乏力等症状。