小儿扁桃体炎分为急性与慢性两种，慢性扁桃体炎的病因主要在于：大多数是因为急性扁桃体反复的发作或是扁桃体隐窝引流不畅，窝内细菌、病毒滋生感染而演变为慢性扁桃体炎。
　　链球菌和葡萄球菌为慢性扁桃体炎的主要治病病菌。慢性扁桃体炎时，隐窝内上皮坏死脱落，细菌及炎性渗出物聚集其中，隐窝可产生小溃疡及瘢痕形成而引流不畅，适于细菌生长繁殖，故感染不易消除。屡发急性扁桃体炎，使机体抵抗力降低或治疗不，则比较易转为慢性。本病发生机理尚不清楚，但近年来基于免疫学的观点，认为自身变态反应为引起慢性扁桃体的重要机制。
　　因为炎症大反复刺激，淋巴组织与结缔组织增生、腺样体肥大、质软、这主要是增生型扁桃体炎；淋巴组织和滤泡变性萎缩，为广泛纤维组织做取代，因为瘢痕收缩、腺体小而硬，常与鄂弓及扁桃体周围组织粘连，内容物不能排出，形成脓栓或囊肿。这是扁桃体发炎很常见的病因。
　　儿童过度肥大的扁桃体可引起呼吸、吞咽、语言障碍。若伴有腺样体肥大可引起鼻塞、鼾症及中耳炎症状。由于经常咽下分泌物及隐窝中的细菌毒素，可致消化不良，头痛，乏力、低热等症状。