当萎缩性鼻炎影响鼻腔的生理功能时，会出现呼吸障碍，引发血氧浓度降低，影响其它组织和器官的功能与代谢，而出现一些如头痛、记忆力下降、头晕，胸痛、胸闷、精神萎糜等，甚至会有肺气肿、肺心病、哮喘等严重并发症发生。而当其未能得到及时治疗，影响到嗅觉粘膜时，就会出现嗅觉障碍，导致对气味不敏感。
当萎缩性鼻炎不能得到及时治疗时，通常会出现以下一些并发症：
过敏性咽喉炎：鼻变态反应可向下波及咽喉，病人出现咽喉发痒、咳嗽、轻度声嘶，严重者会有会厌、声带粘膜水肿而发生呼吸困难等症状。
分泌性中耳炎：鼻变态反应经咽鼓管波及中耳腔；鼻粘膜水肿甚至会影响大盘咽鼓管咽口，使咽口狭窄、阻塞，咽鼓管功能障碍，中耳负压而渗液积存，出现堵塞感症状及耳闷。
因此，医生建议萎缩性鼻炎患者应尽早到正规耳鼻喉医院进行治疗。
